Voila presque un mois que Vincent Valentine était venu à bout de Weiss l'immaculé, le redoutable chef de l'organisation Deepground et qu'il avait réduit à néant le plan du savant fou Hojo de réveiller la terrifiiante ARME Omega avant l'heure.
Mais dans les ruines de Midgar, quelque chose ou plutôt quelqu'un deumerait, L'ex-SOLDAT déserteur Génésis Rahpsodos, il avait disparu de la surface de la planète depuis plusieurs années , il était en fait retenu dans le sous-sol de la Tour Shinra et maintenant il était de retour.
"-Ce n'est pas encore l'heure de dormir, il nous reste encore du travail, mon frère." c'est sur ces paroles énigmatiques qu'il prit son envol, emportant avec lui le corps de Weiss, mais était-il vraiment mort et surtout, était-ce Génésis qui parlait ou une tierce personne avait-elle pris le contrôle de son corps ?
Non loin de là, un autre ennemi refaisait surface, il s'agissait de Yazoo, le frère de Loz et Kadaj, le seul de la fratrie encore en vie, il avait pour but d'accomplir la réunion de Jenova, si il parvenait à ses fins, le monde entier serait menacé car un autre ennemi mortel, l'ex-SOLDAT légendaire Séphiroth, celui là même qui a tenté de détruire la planète trois ans auparavant, ferait son retour et menacerait à nouveau de détruire la planète.
Le sort du monde est maintenant entre les mains du groupe Néo-AVALANCHE et de l'ORM (l'Organisation pour la Régénération du Monde).